Esta espectacular riqueza atrae a los grandes depredadores y filtradores del mar, los cetáceos. En nuestras aguas se han identificado hasta 17 especies. Algunas de ellas, como el delfín mular y el delfín común, habitan las aguas más costeras, incluso se adentran en las bahías de Txingudi y Pasaia donde se alimentan de sardinas, chipirones y pequeños peces. Los delfines listados, formando grupos de hasta 500 individuos, frecuentan las aguas oceánicas de la costa vasca y ocasionalmente se acercan al litoral, siguiendo los bancos de pequeños peces de los que se alimentan.

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Grandes ballenas como el rorcual común encuentran alimento en aguas del talud. Durante sus largas migraciones atraviesan nuestra costa, siendo posible, cuando la mar lo permite, observarlas desplazándose a gran velocidad. Más cerca de costa, el rorcual aliblanco, que con sus escasos 9 metros de longitud es una de las ballenas de menor tamaño, se alimenta de peces como el verdel. En ocasiones comparte espacio con excepcionales visitantes como la yubarta, conocida por sus enormes aletas y sus melódicos cantos.

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Más alejados de costa, en aguas del talud, entre los 200 y 900 metros de profundidad, residen los calderones comunes, voraces cazadores de calamares, que en ocasiones conviven con calderones grises y tropicales. En la zona más profunda de la fosa los zifios, esquivos depredadores de criaturas abisales, pasan desapercibidos a ojos de pescadores y navegantes. No así los imponentes cachalotes, “los grandes señores del mar”, que con su potente surtidor delatan su presencia a quien se aventure a navegar un poco más allá de lo que nuestra terrestre vista alcanza.