La comunidad herpetológica de Jaizkibel no ha sido investigada en profundidad, aunque las observaciones recogidas de forma intermitente en los últimos 30 años han permitido conocer la existencia de un conjunto de especies que proceden principalmente del continente europeo. Los reptiles, con no menos de diez especies, encuentran un hábitat relativamente diverso, que les favorece. Las cuatro especies de anfibios reconocidas dependen de la abundante, aunque frágil, red hidrológica de pequeños cauces superficiales, especialmente en la vertiente norte del macizo.

El hábitat de los anfibios
Las pozas de los arroyos, que mantienen agua durante todo el año, son el hábitat del que depende principalmente la reproducción de todas las especies de anfibios. La disponibilidad de agua permite que los renacuajos prolonguen su estancia antes de realizar la metamorfosis. Los renacuajos de sapo partero común son los mejor adaptados a esta circunstancia, pudiendo incluso pasar más de un invierno en el agua.

El hábitat de los reptiles
En los afloramientos y acantilados habita la especie más común, la lagartija parda, donde también están presentes sus serpientes depredadoras, las culebras lisas. La lagartija roquera se recluye en las zonas más arbustivas, donde comparte el hábitat con el lagarto verde y la escasa víbora de seoane. En los ambientes más húmedos, que proporcionan los matorrales de brezo y árgoma, y en el interior de las pequeñas masas arboladas, aparece la culebra de Esculapio. En las proximidades de los arroyos y los prados encharcados, la culebra de collar depreda la abundante población de sapos comunes.

Se busca lagarto
Hace más de 30 años se capturó un ejemplar de lagarto verdinegro, especie que hasta la fecha no ha sido vista de nuevo. Jaizkibel sería su último reducto nororiental en la península, donde el hábitat todavía mantiene cualidades favorables para su desarrollo; por ejemplo, las orillas rocosas de los arroyos, los juncales encharcados, los matorrales frescos y los helechales. Sin embargo, la abundancia de su competidor natural, el lagarto verde, no favorece su presencia, que está siendo afanosamente buscada por los investigadores.