Jaizkibel, como encuentro de tres mundos interrelacionados, posee un entorno rico y variado que da acogida vital a un gran número de especies de aves, ligadas a los medios marino, terrestre y aéreo. Además, su ubicación geográfica, en pleno corredor migratorio de la ruta europea occidental, hace que se multiplique el número de especies durante la época de la migración. Son más de cien las que están recogidas en los distintos catálogos o listados vinculados con el enclave.

En Jaizkibel existen aves residentes que pueden ser observadas durante todo el año. Es el caso, por ejemplo, del cormorán moñudo, la curruca rabilarga y la gaviota patiamarilla. El cormorán moñudo, en regresión en algunas áreas del Cantábrico, es común en la zona. También podemos disfrutar todo el año de los vertiginosos picados de caza del halcón peregrino, en los que puede alcanzar los 300 km/h; así como de la presencia de otras rapaces, como el ratonero común y el buitre leonado, aunque este último es ocasional y no nidifica en Jaizkibel.

En cuanto a las aves no residentes, podemos diferenciar entre las que acuden y permanecen en Jaizkibel-Ulia durante unos meses y las que únicamente son observadas durante su paso migratorio hacia otras regiones. Varios tipos de charranes, colimbos, paiños y gaviotas llegan desde el norte de Europa a pasar el invierno en nuestras latitudes. El martín pescador, de llamativo azul eléctrico, también puede observarse durante los meses invernales. Otras especies como el alimoche, el águila culebrera y el aguililla calzada, abandonan Jaizkibel en la época más fría para pasar el invierno en el África tropical.

Entre las especies que únicamente son observables durante su paso migratorio hacia otras regiones destacan las escandalosas formaciones en “V” de grullas y gansos, que a finales de octubre y durante noviembre buscan los pasos bajos y costeros, cuando el temporal les impide cruzar por los puertos pirenaicos. Otras aves de paso que podemos observar son la pardela cenicienta, el charrán patinegro, alcatraces, distintos patos, el águila pescadora, milanos, el alcaraván y diversos limícolas, como chorlitejos y correlimos. En ocasiones, algunos individuos de estos migrantes optan por parar y permanecer en Jaizkibel-Ulia durante algún tiempo.